Od XVI wieku thumb|left|Trzeciak koronny bity w Łobżenicy z 1626 Z 1507 pochodzi pierwsze świadectwo istnienia osiedla żydowskiego w mieścieMaurycy Horn, Najstarszy rejestr osiedli żydowskich w Polsce w 1507 r., w: Biuletyn Żydowskiego Instytutu Historycznego 1974, nr 3 (91), s. 15.. W 1607 osiedlili się tu kupcy szkoccy tworząc tzw. Nowe Miasto. W latach 1612–1630 funkcjonowała w Łobżenicy prywatna mennica, w której bito m.in. denary i trzeciaki. Od połowy XVII wieku właścicielami miasta byli Grudzińscy, zwolennicy reformacji, tworząc w mieście silny ośrodek protestancki. Mieszkańcy trudnili się głównie: handlem, sukiennictwem, piwowarstwem oraz rolnictwem – hodowlą bydła, trzody chlewnej i owiec. W wyniku wojen, licznych zaraz oraz klęsk Łobżenica uległa pod koniec XVII stulecia wyludnieniu i zniszczeniu.