W 1795 r. w wyniku III rozbioru Polski miasto znalazło się w zaborze austriackim. Małogoszcz zapisał się następnie w polskich walkach narodowowyzwoleńczych. W czerwcu 1794 r. zatrzymał się w nim z armią naczelnik generał Tadeusz Kościuszko po bitwie pod Szczekocinami. Kwaterował na plebanii, która pełniła też funkcję lazaretu (wśród rannych był Bartosz Głowacki). Tu też zmarli od ran odniesionych w bitwie pod Szczekocinami generałowie Insurekcji kościuszkowskiej Jan Grochowski i Józef Wodzicki (gen. Józef Wodzicki pochowany został w kościele OO. kapucynów w Krakowie). W nieistniejącym kościele św. Krzyża (Betanii) przy ulicy Warszawskiej, w 1794 r. mieścił się powstańczy lazaret (obecnie znajduje się tam szkoła).
24 lutego 1863 r. rozegrała się jedna z najkrwawszych bitew powstania styczniowego – I bitwa pod Małogoszczem. W małogoskiej plebanii mieścił się sztab generała Mariana Langiewicza. Za pomoc powstańcom, a także z powodu spadku liczby ludności, w 1869 r. rząd rosyjski odebrał Małogoszczowi prawa miejskie.
W 1904 r. wielki pożar zniszczył znaczną część osady. Podczas I wojny światowej, na przełomie 1914 i 1915 r., linia frontu przebiegała w pobliżu Małogoszcza, który został doszczętnie zniszczony przez ogień artyleryjski. W 1915 r.