Klasztor oo. Bernardynów w Dukli powstał w 1741 r. Fundatorem był właściciel miasta Józef Wandalin Mniszech. Klasztor i kościół są głównym miejscem kultu św. Jana z Dukli, świątobliwego zakonnika bernardyńskiej prowincji z XV w. Po II wojnie światowej zostały tu przewiezione ze Lwowa główne relikwie Świętego. Od 2009 r. kościół cieszy się statusem sanktuarium na prawach diecezjalnych.
Historia Po beatyfikacji św. Jana z Dukli (rok 1733) zarząd prowincji ruskiej bernardynów powziął myśl, by założyć klasztor w rodzinnej miejscowości błogosławionego. Do projektu przychylił się ówczesny właściciel Dukli, Józef Wandalin Mniszech, wsparcie finansowe obiecał również Józef Bukowski, chorąży sanocki. W 1741 r. zarząd prowincji przyjął fundację. W krótkim czasie powstał drewniany kościółek bł. Jana z Dukli, wraz z klasztorem, poświęcony zaledwie rok później. W latach 1761–1764 trwała budowa murowanego kościoła i klasztoru, który ufundował Jerzy August Mniszech, syn Józefa. Prace wykończeniowe (wieże, dzwony, ołtarze) zostały zakończone ostatecznie w 1777 r. Do nowo powstałego kościoła sprowadzono w 1743 r. ze Lwowa relikwie bł. Jana.