W 1835 r. pożar spowodował potężne spustoszenie w klasztorze i w kościele. Odbudowa trwała długo. Dopiero na przełomie XIX i XX w. doprowadzono kościół do okazałego wyglądu. Wtedy też powstała polichromia w nawie głównej, przedstawiająca życie i kult Patrona kościoła, autorstwa Tadeusza Popiela. Przez kilka lat w dukielskim zakonie przebywał o. Berard Bulsiewicz – powstaniec i kaznodzieja.
Dukielski klasztor stał się centralnym miejscem kultu św. Jana po tym, jak trumna z relikwiami świętego została sprowadzona w 1946 r. ze Lwowa do Rzeszowa, a następnie, w 1974 r. do Dukli. Została ona umieszczona w specjalnie przygotowanej kaplicy.
W dniach 9-10 czerwca 1997 r. ziemię dukielską nawiedził Jan Paweł II. 9 czerwca odwiedził sanktuarium, a następnego dnia podczas mszy św. w Krośnie dokonał aktu kanonizacji św. Jana z Dukli.
Inne miejsca kultu św. Jana znajdujące się pod opieką klasztoru Oprócz głównego kościoła i klasztoru powstał również w 1769 r. kościółek na górze Zaśpit, 8 km od Dukli. Zbudowany na miejscu, gdzie św. Jan miał swoją pustelnię w młodzieńczych latach, zwany jest do dziś potocznie kościołem „na puszczy”. W 1883 r. pożar strawił ten kościółek;