Wbrew postawionej dawniej hipotezie nie ma dowodów, żeby jezioro w przeszłości było laguną, odciętą od oceanu; zagłębienie powstało raczej wskutek rozpuszczania podłoża.
Panuje tu klimat podzwrotnikowy, podobnie jak na głównych wyspach archipelagu. Średnio spada tu około 860 mm deszczu, choć obserwuje się dużą zmienność sezonową i między kolejnymi latami. Opady najsilniejsze są zimą, czerwiec jest szczególnie suchym miesiącem.
mały|lewo|alt=Mapa batymetryczna. Wzniesienia rozciągają w ukośnej linii, najwyższe na dole po prawej.|Grzbiet Hawajski: mapa ukształtowania dna morskiego Koralowce, których szkielety utworzyły wyspę, narosły na szczycie dawnego wulkanu tarczowego, który wygasł i uległ erozji. Datowanie metodą potasowo-argonową pozwoliło stwierdzić, że wulkan był aktywny 20,7 miliona lat temu (wczesny miocen).
Laysan jest objęta ochroną prawną jako część Papahānaumokuākea Marine National Monument.