Wspomnienia można przywrócić zbierając specjalne przedmioty, z których każdy wygląda inaczej w zależności od osoby, która wypowiada wspomnienie (np. okulary – doktor Bumby). Po podniesieniu określone postacie opowiadają wydarzenia z życia Alicji nawiązujące do fabuły i zbliżających się wydarzeń w grze.
Po ukończeniu gry, gracz może rozpocząć grę jeszcze raz, zatrzymując wszystkie zdobyte poprzednio bronie i ulepszenia. Z poziomu menu gracz może również przeglądać wszystkie zebrane wcześniej wspomnienia.
Fabuła Na skutek wydarzeń z pierwszej części gry Alicja Liddell stała się osobą niepoczytalną. Obwiniając siebie za spowodowanie pożaru, w którym zginęła jej rodzina, uciekała do fantastycznej Krainy Czarów wierząc, że jest bohaterką książki „Alicja w Krainie Czarów”. Dzięki terapii w Rutlegde Asylum udało jej pozbyć się wątpliwości, aż w końcu została ona zwolniona z ośrodka. Akcja Alice: Madness Returns ma miejsce 11 lat po wyjściu Alicji ze szpitala. Mieszka ona w sierocińcu w Londynie, gdzie pozostaje pod opieką doktora Agnusa Bumby'ego – psychiatry wykorzystującego hipnozę do wymazywania pamięci. Pomimo przekonania Alicji o tym, że pozbyła się koszmarnych halucynacji, wizje Krainy czarów w dalszym ciągu powracają.