Podczas spaceru Alicji nagle pojawiają się halucynacje, przez co przenosi się ona do Krainy Czarów. Z początku kraina wydaje się być cicha i spokojna, jednak szybko okazuje się, że została ona zdewastowana przez Infernal Train – niszczycielską siłę, starającą się przeszkodzić bohaterce. Alicja spotyka Kota z Cheshire, który wyjaśnia jej, że ktoś inny, nie ona, stoi za tą siłą i namawia ją, by odnalazła swoich byłych przyjaciół i wrogów, aby odkryć źródło tej siły. W trakcie rozgrywki Alicja kilkakrotnie powraca do rzeczywistości, gdzie dowiaduje się od prawnika jej rodziny, że jej siostra Lizzie zginęła jako pierwsza, pomimo tego, że znajdowała się najdalej od źródła ognia oraz że została zamknięta w swoim pokoju.
W trakcie pobytu w Krainie Czarów Alicja spotyka jej mieszkańców, między innymi Kapelusznika, Gąsienicę oraz Żółwiciela. Dowiaduje się od nich, że Królowa Kier nadal żyje, pomimo poniesionej poprzednio porażki. Gdy dociera ona na zamek królowej odkrywa, że władczyni wygląda tak, jak jej siostra. Ujawnia ona, że podmiot zwany Doll Maker przejął kontrolę nad Infernal Train i niszczy Krainę Czarów.