W czasie II wojny światowej proboszcz parafii, ks. Stefan Malesza został (wraz z córką Olgą) zamordowany przez hitlerowców (15 sierpnia 1942). Odtąd opiekę nad wspólnotą sprawowali duchowni z okolicznych parafii, głównie z Siedliszcza. Sytuacja taka trwała aż do likwidacji parafii w Dratowie, co nastąpiło w wyniku akcji „Wisła” (1947). W 1959, w związku z powrotem części wysiedlonych, parafia wznowiła działalność. Od tej pory pozostaje pod opieką duchownych z lubelskiej parafii Przemienienia Pańskiego (od 1989 katedralnej). Od lat 60. do 1985 trwał remont cerkwi; kolejnego – przy wsparciu kopalni węgla kamiennego w Bogdance – dokonano w latach 2002–2007. W tym czasie uporządkowano też teren wokół świątyni, odnowiono plebanię oraz ogrodzono cmentarz.
Obecnie nabożeństwa w dratowskiej cerkwi są celebrowane co dwa tygodnie, według nowego stylu. Główna uroczystość – ku czci św. Mikołaja – przypada 6 grudnia. Drugim świętem jest wspomnienie przeniesienia relikwii św. Mikołaja z Miry Licejskiej do Bari, obchodzone w niedzielę po 9 maja.