12 września 1941 został arcybiskupem kujbyszewskim i syzrańskim. Już w grudniu tego samego roku został przeniesiony na katedrę saratowską i wolską, jednak nie dotarł tam przed majem 1942, gdy skierowano go z kolei na katedrę gorkowską. Decyzja ta została jednak zmieniona i hierarcha ponownie został wyznaczony na biskupa saratowskiego. Wobec faktu, iż na terenie eparchii nie działała żadna cerkiew (wszystkie zostały zlikwidowane przez władze radzieckie), podjął działania na rzecz ponownego otwarcia soboru katedralnego. W sierpniu 1942, wobec faktu, iż duchowny nadal przebywał w Kujbyszewie, otrzymał kolejną nominację – tym razem do objęcia katedry kazańskiej. W tym samym czasie hierarcha został jednak poinformowany o tym, iż władze radzieckie zgodziły się na otwarcie soboru w Saratowie. Z tego powodu władze Cerkwi nakazały mu ostatecznie objął katedrę w tym mieście. Andrzej (Komarow) do Saratowa dotarł we wrześniu 1942. Natychmiast objął kierownictwo prac remontowanych w soborze, otwartym dla wiernych w październiku 1942. Następnie otrzymał polecenie wyjazdu do Kazania. Biskupem kazańskim pozostawał do 1944, gdy został przeniesiony na katedrę dniepropetrowską z tytułem arcybiskup dniepropietrowski, zaporoski i obwodu stalińskiego.