Wkrótce po złożeniu zamówienia papież Klemens zmarł, a na jego następcę wybrano Pawła III. Nowy papież w listopadzie 1536 roku podtrzymał wcześniejsze zamówienie u mistrza. Przed przystąpieniem do prac Michał Anioł zamurował okna, skuł freski i herb rodu della Rovere oraz pokrył ściany kilkoma warstwami tynku. Położenie tych kilku warstw miało zapobiec pękaniu i pojawieniu się pleśni oraz spowodować nachylenie ściany ku środkowi kaplicy, co miało dać większy efekt wizualny (w rezultacie namalowana przez Michała Anioła postać sędziego wydaje się widzowi większa). W wyniku tych prac artysta nadał ścianie i freskowi na niej powstałym kształt zbliżony do dwóch tablic mojżeszowych (luchot). W pracach nad freskiem początkowo pomagało artyście dwóch pomocników, wraz z którymi ucierał farby, głównie koloru błękitnego. Kolor ten powstawał z ucieranego na proszek cennego kamienia – lapis lazuliPrzez tak dużą ilość wykorzystania tego drogocennego barwnika fresk należy do najdroższych dzieł w historii. B. Blech Tajemnice Kaplicy Sykstyńskiej, s. 308..