W okresie wojny domowej w Rosji był kilkakrotnie zatrzymywany przez bolszewickie organy represji: w 1920 przez Czeka w Twerze (zwolniony po kilku dniach), w 1922 w Moskwie (za „sprzeciwianie się konfiskacie kosztowności cerkiewnych”). Przebywał w więzieniu na Butyrkach od czerwca 1922 do lutego 1923. Po uwolnieniu w 1923 otrzymał zakaz powrotu do eparchii twerskiej. W 1924 otrzymał mimo tego godność metropolity, pozostając ordynariuszem eparchii twerskiej. W roku następnym wrócił do Tweru i został tam na krótko zatrzymany. Aresztowany ponownie w kwietniu 1926, odzyskał wolność po podpisaniu zobowiązania o pozostaniu w Twerze, skąd w listopadzie 1926 wywieziono go na sześć miesięcy do Swierdłowska.
W 1927 poparł deklarację lojalności Cerkwi wobec władz radzieckich wydaną przez zastępcę locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego, metropolitę Sergiusza, i został dzięki temu stałym członkiem Świętego Synodu Kościoła. Jego nominacja wzbudziła kontrowersje z powodu podejrzeń Serafina o współpracę z OGPU. 15 lipca 1928 objął katedrę saratowską, zaś w 1933 został przeniesiony do eparchii kazańskiej.