Dowody łaski cesarskiej nie były jednak próżne. Gdy wybuchła groźna wojna z Turcją, genueńczycy wydatnie wsparli Habsburgów. Wiosną 1532 roku 66-letni wówczas Andrea Doria wyruszył na czele połączonej, włosko-hiszpańskiej floty do Grecji, by odciążyć wojska cesarskie walczące na Węgrzech. Wyprawa zajęła dwa miasta na Peloponezie: Koroni i Patras, a w roku kolejnym Doria powrócił nad Morze Jońskie z 30 galerami i rozproszył flotę turecką usiłującą odbić utracone twierdze. Sukcesy te jednak okazały się krótkotrwałe gdyż z braku funduszy cesarz rozkazał ewakuować zdobyte w Grecji przyczółki już w 1534.
Największy splendor Andrei Dorii przyniosła jednak wielka wyprawa z roku 1535, która zdobyła dla Hiszpanii Tunis. Cesarz zarządził ją chcąc raz na zawsze rozprawić się z piratami berberyjskimi nękającymi jego posiadłości w Hiszpanii i we Włoszech. Zebrano olbrzymią flotę (ok. 400 jednostek, w tym 82 galery wojenne), której największą część dostarczyła Genua i sam Andrea Doria. Sam Karol V zaszczycił tę wyprawę swoją obecnością. Dowództwo nad wojskami lądowymi otrzymał markiz Vasto, połączoną flotą sojuszniczą dowodził osobiście Andrea Doria. Operację sfinansowano z dostarczonych z Ameryki kruszców i dzięki kredytom genueńskich bankierów.