Wyprawa zakończyła się sukcesem: Tunis został zdobyty i złupiony, w jego pobliżu osadzono hiszpański garnizon, a w Tunezji zasiadł przyjazny Karolowi V władca.
W kolejnych latach wciąż trwały walki z muzułmanami na morzu, gdzie korsarze nadal stanowili wielkie zagrożenie. W roku 1538 flota Andrei Dorii (bez jego samego), pod dowództwem wicekróla Neapolu nie zdołała pokonać dowodzonej przez admirała Barbarossę floty tureckiej w pobliżu Korfu, mimo zebrania aż 130 okrętów. W tym czasie jednak ze względu na wojny we Włoszech jakie Karol V prowadził z Francją, cała obrona wybrzeży morskich Hiszpanii i Włoch spadła na barki Andrei Dorii i jego floty. Sędziwy Doria nie doczekał się też spokoju w Genui, gdzie wciąż dochodziło do spisków przeciwko władzy jego rodziny. W 1547 doszło do zawiązania spisku, w którym zginął znienawidzony przez opozycję następca i bratanek Andrei, Giannettino Doria. Spiskowców złapano i skazano na śmierć. Sędziwy Andrea brał jeszcze osobisty udział w walkach z piratami i w kolejnej wojnie z Francją, odpierając francuską inwazję na Korsykę (1553–1555). Nie odniósł już jednak większych sukcesów w walce.