W sierpniu 1941 roku otrzymał nowo zbudowany U-333, typu VIIC. Na swym pierwszym patrolu bojowym zatopił trzy statki handlowe, jednym z nich okazał się niemiecki łamacz blokady „Spreewald”. Został za to postawiony przed sądem, który jednak wziął pod uwagę specyfikę warunków wojennych i uniewinnił Cremera. Na kolejnym patrolu zatopił trzy kolejne statki, tym razem już bez wyjątku alianckie, co przyniosło mu odznaczenie Krzyżem Rycerskim. Podczas trzeciego patrolu U-333 został zaatakowany i staranowany przez brytyjską korwetę „Crocus”, a sam Cremer został poważnie ranny. Po powrocie do okupowanej Francji spędził trzy miesiące w szpitalu, zaś na czas rekonwalescencji został przydzielony do sztabu dowództwa U-Bootwaffe. Na morze powrócił w maju 1943 roku, znów na U-333.
Podczas kolejnych patroli nie udało mu się już odnieść żadnych sukcesów, coraz większa presja wywierana na U-Booty przez alianckie siły eskortowe znacząco utrudniała im działanie. Ostatecznie zdał dowództwo swojego starego okrętu w połowie 1944 roku, aby przejąć nowy U-2519, okręt typu XXI. 11 lipca 1944 roku został awansowany do stopnia komandora podporucznika (Korvettenkapitän).