Często dochodziło w trakcie tych prac do aktów sabotażu bezlitośnie karanego przez Niemców.

W styczniu 1945 roku mieszkańcy Neu Bentschen i okolicznych wsi ewakuowali się koleją za Odrę. O miasto nie toczyły się walki, więc pozostało niezniszczone (w znikomym stopniu dosięgły go dewastacje oraz szabrownicy, natomiast zostało splądrowane i podpalone przez Armię Czerwoną) i mogło stanowić jeden z etapów w akcji repatriacyjnej. Od 1945 roku pod przejściową nazwą Nowy Zbąszyń (od 1946 pod obecną nazwąRozporządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 12 listopada 1946 r. o przywróceniu i ustaleniu urzędowych nazw miejscowości ().) już w Polsce, uzyskał prawa miejskie. W latach 1945–1989 dominującą rolę w mieście odgrywała kolej, będąc głównym zakładem pracy i przyczyniając się do wszechstronnego rozwoju infrastruktury miejskiej. W tamtym okresie Zbąszynek był jednym z ważniejszych węzłów kolejowych na trasie Berlin – Warszawa.