20 listopada 1939 roku Einsatzgrupppen zostały rozwiązane, a ich personel przeszedł do stałych placówek SD i Sicherheitspolizei, które zorganizowano na okupowanych ziemiach polskich.
Latem 1941 roku, po rozpoczęciu niemieckiej inwazji na ZSRR, Einsatzgruppen prowadziły działania na terenach wschodniej Polski, znajdujących się wcześniej pod okupacją sowiecką. Ich działalność obejmowała przede wszystkim masowe egzekucje ludności żydowskiej, a także zbrodnie na Polakach, w tym mord profesorów lwowskich. Na bazie jednej z grup operacyjnych, Einsatzkommando z.b.V. Lemberg, utworzono później stałe placówki SD i Sicherheitspolizei w dystrykcie Galicja.
W sierpniu i wrześniu 1944 roku specjalne komanda Sicherheitspolizei towarzyszyły siłom niemieckim, które tłumiły powstanie warszawskie. Ich zdaniem była „filtracja” wypędzanej ludności cywilnej i wyłapywanie, a następnie likwidacja ukrytych powstańców, Żydów oraz innych „osób niepożądanych”. Członkowie tych komand byli odpowiedzialni za zamordowanie co najmniej kilku tysięcy mieszkańców Warszawy.
Geneza Einsatzgruppen (pol. „grupy operacyjne”) były policyjnymi jednostkami specjalnego przeznaczenia organizowanymi w ramach nazistowskiego aparatu bezpieczeństwa.