Od tego momentu zaczęła wzrastać niezależność Einsatzgruppen od Wehrmachtu, a jednocześnie gwałtownie wzrosła brutalność ich działań.
Przebieg operacji thumb|Funkcjonariusze SD podczas obławy w okupowanej Polsce
Przed końcem sierpnia 1939 roku utworzono pięć Einsatzgruppen. Początkowo nosiły one nazwy pochodzące od miast, w których zostały ześrodkowane, jednak 4 września nadano im numery porządkowe od I do V. Po jednej Einsatzgruppe przyporządkowano do każdej armii Wehrmachtu, która uczestniczyła w agresji na Polskę. Grupami tymi były: Einsatzgruppe I (początkowo nazywana Einsatzgruppe Wien) dowodzona przez SS-Brigadeführera Bruno Streckenbacha; Einsatzgruppe II (początkowo nazywana Einsatzgruppe Oppeln) dowodzona przez SS-Obersturmbannführera Emanuela Schäfera; Einsatzgruppe III (początkowo nazywana Einsatzgruppe Breslau) dowodzona przez SS-Obersturmbannführera ; Einsatzgruppe IV (początkowo nazywana Einsatzgruppe Dramburg) dowodzona przez SS-Brigadeführera Lothara Beutela; Einsatzgruppe V (początkowo nazywana Einsatzgruppe Allenstein) dowodzona przez SS-Standartenführera Ernsta Damzoga.