Po 1375 roku Kiejstut, przeniósł stolicę swojego księstwa do Nowych Trok, budując w nich murowany zamek na półwyspie. Następnie zamieszkał w nim i przeniósł do niego swój skarb książęcy. W 1377 roku zamek poniósł poważne straty po ataku krzyżackim.
W 1381 roku po zdobyciu Wilna popadł w konflikt ze swoim bratankiem, Władysławem Jagiełłą, synem Olgierda. Po tym wydarzeniu Jagiełło uwięził stryja w Krewie i niedługo później Kiejstut zmarł. Podejrzewano że mógł zostać zabity z rozkazu bratanka, jednak nie ma na to dowodów, a Jagiełło zapewnił Kiejstutowi odpowiedni pogański pogrzeb.
Powyższe wydarzenia stały się początkiem litewskiej wojny domowej, trwającej od 1381 do 1384 roku. Z małżeństwa z Birutą Kiejstut pozostawił synów: Witolda i Zygmunta, a także córkę, Ryngałłę.
Wyprawy małopolskie Kiejstut brał udział w dwóch wyprawach łupieżczych do Małopolski. W roku 1370, wkrótce po śmierci króla Kazimierza Wielkiego, wojska litewskie napadły – pod wodzą Olgierda – na sanktuarium świętokrzyskie zagarniając bogate łupy i biorąc w niewolę tysiące uczestników odbywającego się tam odpustu. Z tym najazdem wiąże się jedna z legend powstania herbu Świeńczyc.