Niepowodzenie klub powetował sobie w kolejnym sezonie po raz drugi w historii wygrywając 3 ligę, i to we wspaniałym stylu: jedna porażka (najmniej ze wszystkich ośmiu grup 3 ligi), 105 bramek strzelonych (tylko Ceramika Opoczno strzeliła więcej – 107) i tylko 13 straconych (najmniej w całej 3 lidze) i w efekcie 89 punktów – aż 15 więcej niż druga w tabeli Arka Gdynia i najwięcej w całej 3 lidze.
W efekcie sezon 1996/1997 stał się największym osiągnięciem w historii klubu: Elana była rewelacją sezonu całej 2 ligi – w swojej grupie do końca walczyła o awans do 1 ligi – głównie z bardziej utytułowaną Pogonią Szczecin (1:1 i 0:4), bo wzrastająca potęga, czyli Dyskobolia Grodzisk Wielkopolski wyraźnie odskoczyła reszcie (chociaż Elana wygrała z nią 3:0 u siebie, a przegrała 1:2 na wyjeździe). Królem strzelców został Jarosław Maćkiewicz – był to pierwszy (i do 2021 roku jedyny) taki tytuł zdobyty przez zawodnika toruńskiego klubu na 1 lub 2 poziomie rozgrywek. W tym sezonie Elana została sklasyfikowana na 24.