Gdy władca, utwierdziwszy się na tronie podjął starania o przywrócenia praw Rzeszy w Italii, papież Jan XXII wszczął przeciw niemu proces kanoniczny. Powodem było rzekome wspieranie heretyków przez Ludwika. Ponadto papież ekskomunikował monarchę. W odpowiedzi na to Ludwik IV złożył w 1324 apelację w Sachsenhausen, odrzucając prawowierność papieża i w celu rozpatrzenia tej sprawy obwieścił zwołanie soboru powszechnego. Sobór potępił papieża z powodu nadużywania władzy oraz wykorzystywania kar kościelnych dla osobistych korzyściJean Mathieu-Rosay, Prawdziwe dzieje papieży. Od królestwa niebieskiego do królestw doczesnych. Wydawnictwo al fine Warszawa 1996, s. 241.. Konflikt króla z głową Kościoła był powodem zmiany polityki Ludwika wobec Habsburgów. W celu wzmocnienia swojej pozycji wobec papiestwa w 1325 w Monachium miało miejsce spotkanie Ludwika IV z Fryderykiem Pięknym, w wyniku tego układu król Niemiec przyznał Habsburgom wszystkie nabytki z czasów wojny. Fryderyk został uznany za współregenta.