W przeddzień wybuchu II wojny światowej udał się na Węgry, gdzie przebywał w obozie dla polskich uchodźców. Pod koniec 1944 roku został internowany do oflagu Genzhagen koło Berlina. W lipcu 1945 roku powrócił do Zakopanego obejmując ponownie funkcję prezesa TS Wisła w Zakopanem"40 lat TS Wisła". W grudniu 1947 roku przyznano mu tytuł honorowego prezesa TS Wisła Kraków"Przegląd Sportowy", nr 99 z 1947. Po przejęciu „Wisły” Kraków przez pion „gwardyjski” został odsunięty od działalności w klubie. Działał następnie w sekcji narciarskiej MKKF Zakopane, był sędzią narciarskim"50 lat. "Wisła" Kraków 1906-1956". Został pochowany na cmentarzu przy ulicy Nowotarskiej w Zakopanem (kw. K6-3-2)śp. Franciszek Wagner. mały|Grób płka Franciszka Wagnera na Nowym Cmentarzu w Zakopanem Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 1280 (1921)Dekret Wodza Naczelnego L. 2949 z 17 maja 1921 r. Dziennik Personalny z 1921 r. Nr 21, poz. 828 Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski Krzyż Walecznych
Przypisy