23 maja 1992 Jan Parys został odwołany ze stanowiska.
W maju 1992 zaczęły powstawać tzw. Komitety Obrony Parysa, które przekształcono następnie w Ruch Trzeciej Rzeczypospolitej, na czele tej partii stanął były minister. W wyborach parlamentarnych w 1993 bez powodzenia kandydował do Sejmu z ramienia PC. W 1995 RTR wszedł w skład utworzonego pod przewodnictwem Jana Olszewskiego Ruchu Odbudowy Polski, jednak tuż przed wyborami parlamentarnymi w 1997 partia ta przeszła do Akcji Wyborczej Solidarność. Lider RTR w tych wyborach kandydował bez powodzenia z listy ROP (otrzymał 15 467 głosów), a rok później z ramienia AWS został radnym sejmiku mazowieckiego I kadencji.
W latach 1999–2003 był wiceprezesem Fundacji Polsko-Niemieckie Pojednanie. Odszedł ze stanowiska po kontroli Najwyższej Izby Kontroli, w wyniku której NIK zarzuciła członkom zarządu fundacji pobranie nienależnych w jej ocenie premii kwartalnych. Jan Parys twierdził, że premie były wypłacane z odsetek od lokat albo z puli przeznaczonej na administrowanie przekazywanymi pieniędzmi, ich wypłata nie uszczuplała wypłat z funduszu kombatanckiego. Sprawa zakończyła się oskarżeniem polityka o wyrządzenie fundacji znacznej szkody majątkowej dla osiągnięcia korzyści majątkowej. W pierwszej instancji w 2008 zapadł wyrok skazujący.