W postępowaniu odwoławczym w 2009 wyrok ten został zmieniony przez sąd okręgowy, a Jan Parys prawomocnie uniewinniony. Równocześnie z procesem karnym toczyła się sprawa cywilna o zwrot premii, która zakończyła się w 2009 wyrokiem zasądzającym od Jana Parysa zwrot kwoty około 130 tys. zł.
Po odejściu z fundacji pracował jako doradca w Miejskim Przedsiębiorstwie Taksówkowym w Warszawie. W 2002 został wiceprezesem stowarzyszenia Polska Rada Azji i Pacyfiku. Po śmierci Ryszarda Kuklińskiego wraz z Józefem Szaniawskim sprowadził do Polski jego prochy. Wszedł w skład Obywatelskiego Komitetu Pamięci Pułkownika Ryszarda Kuklińskiego. Występował jako oskarżyciel posiłkowy w procesie byłego oficera Służby Bezpieczeństwa i Urzędu Ochrony Państwa Jana Lesiaka, któremu zarzucano inwigilowanie w latach 1991–1997 ugrupowań opozycyjnych (m.in. Ruchu Trzeciej Rzeczypospolitej). Do grudnia 2015 był rektorem Toruńskiej Szkoły Wyższej.
W 2015 został członkiem rady Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych. W latach 2015–2018 był szefem gabinetu politycznego ministra spraw zagranicznych Witolda Waszczykowskiego. Od stycznia do kwietnia 2018 pracował jako wykładowca w Akademii Dyplomatycznej MSZ. W 2021 wszedł w skład zarządu Fundacji Józefa Szaniawskiego oraz rady Fundacji Konsens.