Od sezonu 2012/2013 Nielba uczestniczyła przez kolejne cztery sezony w rozgrywkach 3 ligi (w grupie kujawsko-pomorsko-wielkopolskiej). Zajmując w sezonie 2014/2015 wysokie 6 miejsce.W 2016 roku Nielba spadła do IV ligi wielkopolskiej, gdzie grała w grupie północnej, przez kolejne dwa sezony. W sezonie 2018/2019 WZPN zreorganizował rozgrywki IV ligi łącząc obie grupy południową i północną w jedną ligę, i w tym też sezonie Nielba Wągrowiec wywalczyła zasłużenie awans do III ligi. Na tym poziomie rozgrywek Nielba spędziła dwa sezony. W 2021 roku miała miejsce kolejna reorganizacja rozgrywek ligowych przeprowadzona przez PZPN, na skutek której z III ligi spadło aż 9 zespołów. Wśród nich znalazła się również Nielba Wągrowiec, która zajęła wówczas 14 miejsce w rozgrywkach na 22 biorące w nim udział zespoły. Od sezonu 2021/2022 do chwili obecnej, czyli do sezonu 2025/2026 Nielba gra w 4 lidze wielkopolskiej. W sezonach 2021/2022 i 2022/2023 zajmowała drugie miejsce w rozgrywkach. W sezonie 2023/2024 zajęła 6. miejsce, a w sezonie 2024/2025 zajęła 5. miejsce. Obecny sezon, to jedno wielkie pasmo porażek, i aktualnie żółto-czarni zajmują 14 miejsce w tabeli, na 16 uczestniczących w lidze zespołów.