Od sezonu 2008/2009 utworzono również zespół rezerw Nielba II Wągrowiec, występujący w klasie okręgowej podlegającej pod pilski OZPN. Zespół ten funkcjonował nieprzerwanie do sezonu 2015/2016, kiedy to zarząd klubu podjął decyzję o jego rozwiązaniu. W sezonach 2020/2021 oraz 2021/2022 Nielba zgłaszała drugi zespół, składający się wyłącznie z juniorów, do rozgrywek Pucharu Polski strefy pilskiej, gdzie zespół ten prezentował się z dobrej strony, dochodząc w drugim sezonie do półfinałów, gdzie odpadł po przegranym 2:4 meczu z Pogonią Łobżenica. Widząc potencjał młodych nielbistów, zarząd klubu po namowach trenerów podjął decyzję o reaktywowaniu drugiego zespołu w sezonie 2022/2023 i zgłoszeniu go do rozgrywek ligowych w B Klasie, przez które Nielbiści przeszli jak burza, i już rok później zameldowali się w A Klasie. Awans do klasy okręgowej zajął im kolejne dwa sezony. Nie jest już jednak ten sam zespół, gdyż obecnie grają w nim głównie zawodnicy z roczników od 2006-2009, którzy w okręgówce radzą sobie dość słabo okupując miejsce w dole tabeli.