23 kwietnia spotkał się on z komisarzem spraw zagranicznych Wiaczesławem Mołotowem i ambasadorem w USA Andriejem Gromyką, gdzie odnosił się do strony radzieckiej z dużą rezerwą i niechęcią. Dzień rozpoczęcia konferencji zbiegł się w czasie ze spotkaniem armii amerykańskiej i radzieckiej nad Łabą. Już na samym początku pomiędzy USA a ZSRR powstało kilka konfliktów: m.in. sprawa Rządu Jedności Narodowej w Polsce oraz udział Argentyny w konferencji (która utrzymywała stosunki dyplomatyczne z III Rzeszą, a mimo to została zaproszona na obrady przez Edwarda Stettiniusa). Pozostałymi różnicami były pomysły utrzymania kolonii brytyjskich i francuskich, aneksja archipelagów Karolinów, Marianów i Wysp Marshalla przez Stany Zjednoczone oraz system głosowania w Radzie Bezpieczeństwa. W celu uzgodnienia wspólnego stanowiska, Truman wysłał do Moskwy Harry’ego Hopkinsa na negocjacje ze Stalinem. Karta Narodów Zjednoczonych została ostatecznie podpisana 26 czerwca, a 28 lipca została ratyfikowana przez Senat.