W czasie obrad w San Francisco, III Rzesza przegrywała wojnę w Europie i światowi przywódcy zastanawiali się nad powojenną przyszłością Niemiec. Z tego powodu naciskano na prezydenta USA, by spotkał się z premierem brytyjskim i przewodniczącym Rady Komisarzy Ludowych Związku Radzieckiego, by omówić szczegóły. Truman był zwolennikiem pokojowej okupacji sojuszniczej, demilitaryzacji i denazyfikacji Niemiec, będąc jednocześnie przeciwnikiem planu Morgenthaua. Dla uzgodnienia wspólnego stanowiska państw zwycięskich, zwołano konferencję w Poczdamie, która rozpoczęła się 2 lipca 1945. W trakcie przygotowań do niej, Truman otoczył się ludźmi sprzyjającymi ostremu kursowi wobec ZSRR: admirałem Williamem Leahy’m, sekretarzem obrony Jamesem Forrestalem i nowym sekretarzem stanu Jamesem Byrnesem. W drodze do Poczdamu, delegacja amerykańska ustaliła cztery główne punkty obrad: ustalenia przyszłości Niemiec, reparacji wojennych, realizacje ustaleń konferencji jałtańskiej dotyczących kształtu powojennej Europy oraz podpisanie traktatów pokojowych. Przewodniczącym konferencji został Truman i na początku zawnioskował o powołanie Rady Ministrów Spraw Zagranicznych (amerykańskiego, radzieckiego, chińskiego, francuskiego i brytyjskiego), która miała opracować traktaty pokojowe.