W 1952 proboszcz mikołajski objął administrację nad parafią w Baranowie, zarządzaną uprzednio od 1946 z parafii w Mrągowie.
W październiku 1952 ks. Pilch został zatrzymany i uwięziony przez Służbę Bezpieczeństwa, wobec czego na zastępstwo skierowano teologa kandydata Bogusława Wittenberga. Ksiądz Pilch został wypuszczony po kilku tygodniach. W 1953 duszpasterz w piśmie skierowanym do seniora diecezji donosił o działalności metodystów wśród luteran na terenie parafii.
Biskup Karol Kotula odbył w czerwcu 1955 wizytację parafii w Mikołajkach. Według sporządzonego przez niego sprawozdania liczyła 2500 członków, którzy oprócz miasta zamieszkiwali też wsie Tałty, Woźnice, Prawdowo, Stare Sady, Nowe Sady, Lubiewo, Dybowo i Zełwągi. W samych Mikołajkach mieszkało 1000 ewangelików.
W 1957 parafia liczyła już 1230 wiernych, a na koniec tego roku jedynie 750. Cały czas trwały wyjazdy ludności ewangelickiej.
Według protokołu z dnia 22 kwietnia 1958 własnością Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego pozostawały kościół, plebania, obora przy plebanii, cmentarz przy ul. Kolejowej oraz dom parafialny.