Inne obiekty zostały odebrane zborowi na rzecz państwa.
Od 1 maja 1961 zarząd nad podległym Mikołajkom parafią w Baranowie, liczącą wówczas 300 wiernych, został przekazany ponownie parafii w Mrągowie.
W 1961 do proboszcza udała się delegacja złożona z księdza parafii katolickiej oraz tamtejszej rady parafialnej w celu przekonania ewangelików do sprzedaży kościoła w Mikołajkach lub umożliwienia jego współużytkowania. Nie wyrażono na to zgody, na co wpływ miało również wcześniejsze bezprawne zajęcie przez katolików ewangelickiego domu zborowego położonego przy ul. Kajki.
Na początku 1962 parafia posiadała 920 wiernych, jednak w już czerwcu tego samego roku było to jedynie około 800 osób.
1 lipca 1969 pod administrację parafii została oddana na powrót dawna parafia w Baranowie, w 1968 zdegradowana do stacji kaznodziejskiej parafii mrągowskiej.