25 grudnia 1983 podpisany został akt sprzedaży kościoła w Baranowie katolikom.
Na skutek osiągnięcia przez proboszcza wieku emerytalnego, 28 marca 1984 do seniora diecezji w Szczytnie została wysłana delegacja Rady Parafialnej w Mikołajkach w celu przedłużenia okresu urzędowania ks. Pilchowskiego. Wskazywano na przykład księdza, służącego na stanowisku proboszcza w wieku ponad 90 lat, pracującego na tej funkcji od 71 lat. Możliwość pracy przez ks. Pilchowskiego w parafii została przedłużona przez konsystorz początkowo do 31 października 1984, a następnie do końca października roku kolejnego.
Konflikty między duszpasterzem a władzami kościelnymi nadal trwały. Proboszcz chciał budowy domu misyjnego oraz nowej plebanii. Wobec braku zgody, zwrócił uwagę na pozytywne nastawienie Konsystorza do oddania kościoła w Mikołajkach z plebanią kościołowi katolickiemu, a także obiecywał ogłoszenie parafii niezależną od Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, który miał utrudniać jej rozwój. W związku z tym następna prośba o przedłużenie jego pracy duszpasterskiej nie została przyjęta, a ks. Pilchowski z dniem 1 listopada 1985 został skierowany na emeryturę. Parafia od tego czasu była administrowana przez proboszcza parafii w Piszu.