Sprawa zajęcia w 1979 kościoła filialnego w Baranowie była nadal dyskutowana przez Konsystorz z rzymskokatolicką Kurią. Konsystorz zlecił proboszczowi Pilchowskiemu zwołanie Zgromadzenia Parafialnego w celu przegłosowania sprzedaży tej świątyni parafii katolickiej. Zgromadzenie odbyło się 16 stycznia 1983 w obecności ks. seniora Pawła Kubiczka i nie wyraziło zgody na sprzedaż kościoła. Oburzenie wiernych wywołał fakt, że Konsystorz przyjął już należne za kościół pieniądze od katolików. Wobec tego proboszcz zwrócił się do Kościoła Ewangelicko-Reformowanego o przyjęcie w swoje struktury parafii w Mikołajkach.
W związku z tymi wydarzeniami, Konsystorz w maju 1983 nie wyraził zgody na budowę siedziby Muzeum Reformacji, a także wystosował prośbę do Biskupa Kościoła ks. Janusz Narzyńskiego o odwołanie ks. Pilchowskiego ze stanowiska kierownika muzeum będącego w trakcie organizacji, a także zwrócił uwagę na złamanie przez duchownego Zasadniczego Prawa Wewnętrznego Kościoła poprzez zgłoszenie chęci przejścia do innego związku wyznaniowego. 25 czerwca 1983 prośba o przyjęcie do kościoła reformowanego została przez ks. Pilchowskiego odwołana.