W 1561 roku papież Pius IV polecił poprzez kardynała de Granvelle obu stronom sporu milczenie - bez rozstrzygania konfliktu doktrynalnego, zaś sam Bajus został wysłany na wznowione obrady Soboru w Trydencie jako teolog króla Hiszpanii. Poglądy Bajusa nie spotkały się z przychylnym przyjęciem przez ojców soborowych i tylko autorytet króla Hiszpanii obronił Bajusa przed potępieniem. Po powrocie z soboru Bajus opublikował w Lowanium kilka traktatów (m.in. De libero arbitro), które w 1566 roku wydał w zbiorze "Opuscula omnia". Przeciwnicy Bajusa poinformowali o tym papieża i w dniu 1 października 1567 roku Pius V podpisał bullę Ex omnibus affilictionibus. Bulla ta potępia w całości różne tezy Bajusa bez nadawania im poszczególnych cenzur teologicznych oraz bez wymieniania Bajusa jako ich autora. Z uwagi na rozwój reformacji bulla ta miała pozostać dokumentem niejawnym, zaś sam Bajus został poinformowany o potępieniu 79 jego tez prywatnie w dniu 21 grudnia 1567 roku, a w styczniu następnego roku wysłał do Rzymu pismo w obronie swojej nauki, powołując się głównie na autorytet św. Augustyna.