W 1937 został aresztowany i skazany na osiem lat łagru. Karę odbywał w obozie w mieście Irbit (Siewuralłag). Mimo upływu wyroku w 1945, został zwolniony dopiero w roku następnym. Od 1947 służył w soborze Zwiastowania w Charkowie.
12 grudnia 1947 otrzymał nominację biskupią i 25 lutego 1948 w soborze Objawienia Pańskiego w Moskwie miała miejsce jego chirotonia na biskupa czerniowieckiego i bukowińskiego, w której jako główny konsekrator wziął udział patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy. Od 1954 był biskupem winnickim. Po roku został przeniesiony na katedrę czernihowską, zaś w 1956 otrzymał godność arcybiskupią.
W 1961 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, na własną prośbę hierarchy, przeniósł go w stan spoczynku. Prośba arcybiskupa Andrzeja była związana z faktem, iż wysunięto przeciwko niemu fałszywe zarzuty przestępstw ekonomicznych oraz "nieobyczajnego prowadzenia się". W 1961 został skazany na osiem lat łagru. Przyczyną, dla których został poddany represjom, był fakt, iż duchowny w zdecydowany sposób przeciwstawiał się zamykaniu na terenie jego eparchii kolejnych cerkwi i klasztorów. Wyrok odbywał w łagrze na terenie republiki Komi. W 1964 nałożony na niego wyrok został skrócony do pięciu lat. W 1967 został zwolniony ;