Latem tego samego roku Peralta został zawodnikiem drugoligowego Club León. W ciągu roku gry w Liga de Ascenso wychowanek Morelii zdobył 10 goli w 33 spotkaniach i zajął z drużyną pierwsze miejsce w rozgrywkach, co nie zapewniło jednak Leónowi awansu do najwyższej klasy rozgrywkowej.
Przed sezonem Apertura 2004 Peralta powrócił do Primera División, podpisując umowę z C.F. Monterrey. Był jednym z pierwszych piłkarzy zakupionych przez nowego szkoleniowca zesppołu, Miguela Herrerę. Z zespołem tym dwukrotnie zdobywał tytuł wicemistrza Meksyku (Apertura 2004 i Apertura 2005). Jego dobre występy zaowocowały pierwszymi powołaniami do reprezentacji narodowej.
W 2005 roku na kilka miesięcy został wypożyczony do zespołu C.D. Guadalajara, w celu wsparcia drużyny w rozgrywkach Copa Libertadores. Ostatecznie zawodnik rozegrał cztery mecze w Pucharze Wyzwolicieli, nie zdobywając żadnej bramki.
Latem 2006 Peralta został zawodnikiem drużyny Santos Laguna z siedzibą w jego rodzinnym mieście, Torreónie. Wywalczył z tym zespołem mistrzostwo Meksyku w sezonie Clausura 2008, jednak w taktyce trenera Daniela Guzmána był jedynie rezerwowym – rozegrał wówczas 17 spotkań (3 w wyjściowej jedenastce), strzelając jedną bramkę.