Pierwszym albumem The Prodigy był wydany 28 września 1992 roku Experience, utrzymany w stylistyce rave. Zajął on 12. miejsce na liście najlepiej sprzedających się albumów w Wielkiej Brytanii. Międzynarodową sławę przyniósł grupie drugi album, Music for the Jilted Generation, wydany w 1994 roku i promowany m.in. przez singiel „No Good (Start the Dance)”. Album ten był inspirowany m.in. sprzeciwem wobec wprowadzonych wówczas w Wielkiej Brytanii ustaw de facto delegalizujących imprezy rave. Teledysk do singla „Voodoo people” nakręcony został na wyspie St. Lucia. Prowokacyjny teledysk z piosenką „Poison” przyniósł także dużą popularność zespołowi.
Największy sukces komercyjny odniósł trzeci album The Fat of the Land (1997) zawierający 10 utworów, w tym hity „Firestarter”, „Breathe” i kontrowersyjne „Smack My Bitch Up”, do których nakręcono teledyski. Teledysk Firestarter nakręcony został w londyńskim metrze. Później na kilka lat zespół wycofał się ze sceny muzycznej. W 1999 Liam Howlett wydał didżejski album The Dirtchamber Sessions Volume One, solowych występów próbowali też inni członkowie zespołu, jednak bez większych sukcesów. W 2000 zespół opuścił Leeroy Thornhill.