Daniel Biliński.
W 1564 założone zostało Gimnazjum Ewangelickie, kształcące na kierunkach humanistycznym i religijnym. Od 1569 za Bramą Mikołajską działał ewangelicki cmentarz.
Dzięki pozwoleniu wydanemu przez króla Zygmunta II Augusta 2 maja 1572 otwarto kościół przy ul. św. Jana, nazywany brogiem, a dla protestantów zagwarantowana została wolność religijna. 29 września 1573 w Krakowie miał miejsce synod generalny, na którym została przyjęta ugoda sandomierska. W zebraniach synodu uczestniczył wojewoda Jan Firlej.
Kościół był wielokrotnie atakowany podczas zamieszek antyprotestanckich, począwszy od tumultu krakowskiego w 1574. Rok później, 16 lipca 1575 katoliccy studenci dokonali tumultu cmentarnego, podczas którego zbezczeszczony został ewangelicki cmentarz. W kolejnych latach dochodziło do kolejnych aktów chuligańskich przeciwko członkom zboru oraz profanacji zwłok ewangelickich zmarłych. Do drugiego zniszczenia nekropolii doszło podczas zamieszek w dniu 21 czerwca 1577. 19 września 1579 przez uczniów szkół katolickich zostały wybite okna ewangelickiego kościoła.