W święto Wniebowstąpienia Pańskiego 8 maja 1587 podczas kolejnego tumultu miało miejsce zniszczenie odbudowanego kościoła ewangelickiego oraz jego podpalenie. Powtórnie zrekonstruowana świątynia została ostatecznie zburzona po zamieszkach 23 maja 1591, w obecności króla Zygmunta III Wazy.
Z powodu bezpieczeństwa, siedziba zboru została przeniesiona do Aleksandrowic. W mieście dochodziło jednak w dalszym ciągu do profanacji cmentarza oraz napaści na wyznawców protestantyzmu, a 10 kwietnia 1607 zniszczony został szpital ewangelicki.
14 kwietnia 1613 miał miejsce atak na aleksandrowicki zbór oraz jego duchownych, którego dokonali przybyli z Krakowa uczniowie oraz miejski plebs. Z tego powodu w 1614 dokonano kolejnego przeniesienia miejsca sprawowania nabożeństw do Wielkanocy.
W Wielkanocy w 1613 przez Stanisława Wielowiejskiego rozpoczęta została budowa murowanego kościoła z wieżą, w której zawieszono trzy dzwony. Był to obiekt o powierzchni 174 m². Jego ściany powstały z wapienia skalistego oraz piaskowca, a materiały te zostały pozyskane z kamieniołomu zlokalizowanego we wsi. Kościół posiadał dach pokryty gontem modrzewiowym. Obok kościoła zlokalizowano cmentarz, a także dom dla duszpasterza zboru, dom dla służby oraz szkołę.