Parafia przy ul. Grodzkiej Czasy pod panowaniem austriackim 27 lipca 1816 roku Senat Wolnego Miasta Krakowa przekazał ewangelikom nieużywany i niszczejący kościół św. Marcina. W związku z tym zbór w Podgórzu został zlikwidowany i poprzedni dom modlitwy zamknięto. Życie religijne ewangelików skupiło się odtąd całkowicie wokół kościoła przy ul. Grodzkiej, a filiał w Lednicy Niemieckiej przeszedł pod administrację parafii w Nowym GawłowieKrótki zarys dziejów zboru ewangelickiego w Wieliczce i w Lednicy niemieckiej. Pierwszym proboszczem parafii przy ul. Grodzkiej został ks. Fryderyk Jakub Teichmann.
Krakowscy luteranie po pozyskaniu nowego kościoła spotykali się jednak ponownie z nietolerancją religijną. Podczas uroczystości jego poświęcenia musieli być chronieni przez gwardię miejską, z uwagi na zgromadzony tłum katolickich fanatyków. Ksiądz Feliks Jaroński z katolickiej parafii Wszystkich Świętych zażądał od Senatu Rządzącego Wolnego Miasta Krakowa dodatkowych wyjaśnień odnośnie do przekazania kościoła św. Marcina protestantom, wygłaszał również nietolerancyjne wobec ewangelików kazania. Z uwagi na tę postawę, prawo wygłaszania kazań zostało mu odebrane, został usunięty także z pracy na uniwersytecie.