Z powodu kolejnych antyprotestanckich wypowiedzi, nakazano mu opuszczenie miasta.
Dotychczasowy budynek kościoła w Podgórzu został rozebrany na przełomie lat 20. i 30. XIX wieku. Rozwijał się za to nowy ośrodek parafialny przy ul. Grodzkiej, gdzie prowadzone były przebudowy dotychczasowych kamienic parafialnych oraz powstawały nowe zabudowania. Czyniono zabiegi w celu otwarcia placówki edukacyjnej, mogącej spełnić wymagania zostania szkołą miejską. Szkoła, powstała z inicjatywy Jerzego Samuela Bandtkiego, rozpoczęła tu działalność w 1826. W 1829 następcą ks. Teichmanna na stanowisku proboszcza został ks. Karol Fryderyk Otremba.
W 1833 Senat Rządzący zatwierdził w mieście działalność Londyńskiego Towarzystwa Szerzenia Chrześcijaństwa wśród Żydów. Wówczas do Krakowa przybył misjonarz Welmerskirch, a po nim kolejni. Poskutkowało to falą konwersji z judaizmu na ewangelicyzm, członkami zboru stawały się głównie rodziny wywodzące się z wyższych warstw społecznych żydowskiego mieszczaństwa. Przy parafii utworzono stanowisko kaznodziei misji żydowskiej.