Modernizacja w latach 2014–2015 thumb|Widok z peronu: po lewej terminal zewnętrzny, po prawej dworzec wyspowy W latach 2014–2015 kosztem 164 mln zł dokonano kompleksowej przebudowy dworca głównego. Autorem projektu jest Przedsiębiorstwo Organizacji Inwestycji Allplan Sp. z o.o., które przedstawiło 4 koncepcje realizacji inwestycji o nazwach „Inside-outside”, „Wehikuł czasu”, „Clockwork station” oraz „Węzeł przesiadkowy”. Zrealizowano pierwszą z koncepcji, która zakładała odrestaurowanie starego dworca wyspowego, odtworzenie podziałów oraz budowę nowego, 5-kondygnacyjnego obiektu przy ulicy Zygmunta Augusta o szklanej fasadzie (3409 m²), kubaturze 40 065 m³ (dotychczasowy obiekt miał 16 837 m³)Przez Bydgoszcz będą jeździć nowoczesne Flirty – od grudnia połączenie szybsze niż teraz. Na najwyższej kondygnacji umieszczono biura, na najniższej – 9 kas biletowych oraz tunel prowadzący na perony. Pomiędzy kondygnacjami znalazł się prześwit, odsłaniający odrestaurowany budynek dworca wyspowegoZ powodu starego platana, nowy budynek musiał zostać obrócony o 180 stopni [dostęp 06.06.2014].