Podwyższone zostały również perony, znajdujące się do tej pory na poziomie 30 cm ponad główką szyny – perony 1, 2 i 5 do wysokości 55 cm, a znajdujące się przy zabytkowym budynku dworca wyspowego perony 3 i 4 o około 10 cm.
28 maja 2014 PKP podpisało umowę na przebudowę z konsorcjum Budimexu SA i PW Lech, które za kwotę 165 mlnłączny koszt inwestycji zamknął się w kwocie 197 mln zł zobowiązało się do realizacji inwestycji do listopada 2015 roku. 13 kwietnia 2015 nad bryłą nowego budynku zawisła tradycyjna wiecha.
25 czerwca 2014 dawny dworzec zamknięto, po czym przystąpiono do jego rozbiórkiKrzysztof Aładowicz Ostatni dzień starego dworca Bydgoszcz Główna. Co dalej?. Trwała ona zaledwie cztery dni od 30 czerwca do 3 lipca 2014Dworca Bydgoszcz Główna już nie ma, przy czym zasadniczą część budynku zburzono 2 lipca 2014. W czasie przebudowy odprawa podróżnych odbywała się w prowizorycznym budynku kontenerowym, a ruch pieszych na perony odbywał się dawnym tunelem pocztowym. Nowy obiekt, mimo trwających prac wykończeniowych, został oddany do użytku podróżnych 24 sierpnia 2015 roku.