Lata po 1945 Po zakończeniu II wojny światowej wierni zostali pozbawieni świątyni, ponieważ kościół św. Jerzego wraz z plebanią został przejęty przez katolików. Nabożeństwa zostały wznowione w 13 października 1946 i odbywały się w prywatnych mieszkaniach parafian, a od 1947 ich prowadzenie przeniesiono do kościoła św. Jana, który formalnie nie był jednak już własnością parafii ewangelickiej. Zbór został otoczony opieką duszpasterską przez ks. Emila Dawida z parafii w Giżycku, który został jej administratorem. Konsystorz przydzielił mu do pomocy Karola Napierskiego. Nabożeństwa prowadzone były jednak w większości przez studentów teologii, jak Karol Napierski, Tadeusz Adamik, Tadeusz Bogucki, a także ks. Emila Kowalę. Napierski zajmował się zborem w Kętrzynie do sierpnia 1950.
W 1951 parafia liczyła 766 wiernych, w tym roku miało miejsce 26 chrztów, 5 ślubów, 19 pogrzebów, a 65 osób konfirmowano.