Następnie administrację nad zborem objął ks. Rudolf Mrowiec. Nie organizował on jednak nabożeństw w Kętrzynie oraz innych podległych mu jednostkach, dlatego od 1 marca 1952 administratorem parafii kętrzyńskiej został mianowany ks. Alfred Figaszewski, który przeprowadził się do miasta. Po kilku miesiącach opuścił jednak Kętrzyn i zamieszkał na Śląsku. W czerwcu 1952 kolejnym stałym duchownym został tu ks. Paweł Bakałarz. Kościół św. Jana okazał się za mały na potrzeby licznego zboru. Parafia pozbawiona była również plebanii, w związku z czym ksiądz zamieszkał w przydzielonym mu mieszkaniu, wyremontowanym uprzednio nakładem członków zboru.
Liczba członków parafii w 1956 wynosiła około 2000 osób. Dalej pozostawał pozbawiony sali parafialnej oraz plebanii, kancelaria działała w budynku mieszczącym mieszkanie duchownego. Zwracano także uwagę na nietolerancję, z jaką spotykali się należący do parafii Mazurzy.
Dzięki przekazaniu na rzecz parafii w czerwcu 1957 swojego dotychczasowego domu przez jedną z wyjeżdżających członkiń zboru, 7 czerwca 1957 nieruchomość ta stała się oficjalnie plebanią.