W XVIII wieku miasto stało się stolicą superintendentury, przekształconej później w okręg kościelny (diecezję). W 1720 okręg liczył 16 parafii z 19 duchownymi, a w 1789 podlegało mu 12 parafii i 15 duchownych.
Parafia działająca przy kościele św. Jana Ewangelisty skupiała w 1926 8500 wiernych, natomiast do parafii przy kościele św. Jana Chrzciciela należało 3500 członków.
Stanowisko superintendenta okręgu kościelnego z siedzibą w Bartoszycach od 1928 pełnił ks. Wilhelm Feist. Przed zakończeniem II wojny światowej okręg zrzeszał parafie na terenie miasta i w miejscowościach takich jak Allenau, Auglitten, Böttchersdorf, Deutsch Wilten, Domnau, Falkenau, Friedland in Ostpreußen, Gallingen, Georgenau, Groß Schwansfeld, Klein Schönau, Klingenberg, Schippenbeil, Schönbruch, Schönwalde i Stockheim.
Po II wojnie światowej wierni pozbawieni zostali dotychczasowych kościołów. Kościół Jana Chrzciciela został przejęty przez katolików, natomiast kościół św. Jana Ewangelisty uległ zniszczeniu. W 1947 opiekę nad zborem roztoczył giżycki proboszcz, ks. Emil Dawid, któremu w posłudze w Bartoszycach pomagał student teologii Karol Napierski. W listopadzie tego roku liczba wiernych w powiecie bartoszyckim wynosiła 373 osób, zaś w samym mieście mieszkało ich 158.