Do 14 listopada 1948 nabożeństwa dla nich prowadzone były w kaplicy należącej do miejscowego zboru Kościoła Chrześcijan Baptystów w Bartoszycach, później odbywały się one w domu prywatnym należącym do rodziny Fröhlich.
W 1950 parafia zrzeszała około 1300 wiernych. Wtedy też, wobec braku odpowiedniego miejsca na nabożeństwa, zwrócono się do władz państwowych o przydzielenie parafii jej dawnego domu zborowego położonego przy ówczesnej ul. Zwycięzców 36, który w tym czasie został przekształcony na siedzibę związków zawodowych. Rok później liczba członków parafii wynosiła już jedynie 312 osób zweryfikowanych.
Od lutego 1954 do miasta sprowadził się dk. Manfred Buchholz, który objął zbór bartoszycki opieką duszpasterską. Jego następcą został w czerwcu 1957 ks. Rudolf Turoń, który od lipca 1958 przeprowadził się jednak do Biskupca, skąd dojeżdżał do Bartoszyc. Z powodu jego choroby, faktycznym administratorem parafii od marca 1958 był ks. Paweł Bakałarz z Kętrzyna, a ks. Turonia w prowadzeniu nabożeństw zastępowali inni duchowni.
W 1958 parafia otrzymała od władz potwierdzenie prawa do użytkowania dawnej kaplicy Społeczności Chrześcijańskiej przy obecnej ul. Witosa 12. Zbór liczył wówczas 200 osób.