Lata 402-404 spędził w Aleksandrii. W 402 roku poślubił tam chrześcijankę, ślubu udzielił mu patriarcha Teofil, z którym był już w tym czasie w zażyłych stosunkach (List 153). Jest kwestią sporną czy ochrzcił się już w tym czasie, czy zawarł ślub jako poganin. Na początku 404 roku wrócił z rodziną do Cyreny, aby z dala od spraw publicznych wieść zamożne życie oddane filozofii i pracom wiejskim: rolnictwu, ogrodnictwu i myślistwu (Listy 4, 105 i 147) Szczęśliwe życie małżeńskie (z jego związku urodziło się trzech synów) mąciły mu zatargi z przekupną administracją państwową i cesarskimi załogami niezdolnymi do obrony mieszkańców Cyrenajki przed łupieżczymi napadami z pustyni. Gdy w 404 roku wskutek opieszałości wojska cały kraj został wydany mauretańskim Maketom, a bezpośrednio zagrożona została Cyrena, Synezjusz uzbroiwszy współobywateli, stanął na ich czele i odparł najeźdźców.