We wrześniu 1935 r. ks. Franciszek Dachtera został nauczycielem religii w Miejskim Gimnazjum Kupieckim w Bydgoszczy, a ponadto uczył religii w bydgoskiej Publicznej Szkole Dokształcającej Zawodowej Nr 1 (do 1938 r.). Jednocześnie przygotowywał się do egzaminu prefektowskiego przewidzianego dla księży nauczających w szkołach średnich. Napisał podręcznik „Nauka wiary” dla szkół tego typu. We wrześniu 1937 r. podjął studia z zakresu historii Kościoła w Uniwersytecie Jana Kazimierza we Lwowie i ukończył je w czerwcu 1939, uzyskując stopień magistra teologii. Opracował „Historię parafii bydgoskiej do r. 1772”, pozostającą w rękopisie w zbiorach Wojewódzkiej i Miejskiej Biblioteki Publicznej w Bydgoszczy.
W sierpniu 1939 r. został mianowany administratorem wiejskiej parafii Łubowo pod Gnieznem. Wybuch II wojny światowej uniemożliwił jednak objęcie tego stanowiska.
W sierpniu 1939 został zmobilizowany do 62 Pułku Piechoty Wielkopolskiej w Bydgoszczy na stanowisko kapelana. W szeregach tego oddziału walczył w kampanii wrześniowej. 17 września 1939 r. podczas bitwy nad Bzurą dostał się do niemieckiej niewoli. Od 10 grudnia 1939 przebywał w Oflagu IX C Rotenburg (jeniec nr 176).