W kwietniu 1940 został pozbawiony statusu jeńca wojennego i wywieziony do obozu koncentracyjnego, najpierw do Buchenwaldu (25 kwietnia 1940), a potem, od 7 lipca 1942 r. do obozu w Dachau. Tam otrzymał numer więźnia 31199. Podczas pobytu w obozie koncentracyjnym więźniowie nazywali go „Cherubinkiem'” z uwagi na pogodny wygląd oraz równowagę duchową mimo wyniszczającej pracy, głodu i szykan. W grudniu 1942 r. został wyselekcjonowany na tzw. doświadczenia medyczne, którymi kierował z dużym okrucieństwem prof. Klaus Schilling. Stację doświadczalną opuścił zarażony malarią i niewyleczony (żółtaczka, znacznie uszkodzona wątroba i śledziona). Ciężko chorując i męcząc się zmarł w Dachau 22 sierpnia 1944 r. Bezpośrednią przyczyną zgonu był prawdopodobnie trujący zastrzyk z piroferu. Jego zwłoki spalono.
Pamięć Ks. Franciszek Dachtera otrzymał pośmiertnie kilka odznaczeń. W 1985 r. otrzymał Medal Za udział w wojnie obronnej 1939, zaś za zasługi dla harcerstwa otrzymał Srebrny Krzyż Zasługi z rozetą (marzec 1992). Jego nazwisko widnieje na kilku tablicach pamiątkowych umieszczonych w różnych miejscach dla upamiętnienia pomordowanych Polaków, m.in. w bydgoskich kościołach: Najświętszego Serca Pana Jezusa i Klarysek oraz w Salnie.