W końcu XVIII wieku Białystok liczył około 20 000 mieszkańców, z czego ponad tysiąc ewangelików. Na terenie tym działała reformowana parafia w Zabłudowie. Starania o powstanie parafii białostockiej czyniono od 1796. W 1796 przybył do miasta pierwszy duchowny, którym został ks. August Henryk Brettschneider. Do formalnego utworzenia parafii doszło 17 lutego 1803, kiedy to siedzibę parafii zabłudowskiej przeniesiono do Białegostoku, a jej wyznanie zmieniono z kalwińskiego na luterańskie. W 1803 pracę w zborze zakończył ks. Brettschneider.
Po przejściu w 1807 terenu miasta pod panowanie Imperium Rosyjskiego, większość członków parafii zaczęli stanowić robotnicy, a przybywanie kolejnych protestanckich osadników było kontynuowane. Zbór wszedł w skład Konsystorza Kurlandzkiego Kościoła Ewangelicko-Luterańskiego w Rosji. Kolejnym proboszczem został w 1810 ks. Christian Friedrich Heise, zmarł jednak 20 grudnia, a parafia przez kolejne dziesięć lat pozbawiona była stałego duchownego i w latach 1811–1821 była administrowana przez proboszcza z Grodna, ks. Johanna Georga Hilsenitza. Dzięki środkom finansowym przekazanym przez cara na wynagrodzenie dla księdza, w latach 1821–1822 funkcję białostockiego proboszcza pełnił ks. Johann August Drepper.