Opiekunem zboru polskiego był w okresie 1876-1883 ks. Gustav Agathon Harnoch, który został autorem Kroniki i statystyki kościołów ewangelickich w prowincjach Prusy Wschodnie i Prusy Zachodnie wydanej w 1890. Według statystyki tej miasto zamieszkiwało 11 150 ewangelików, z czego 5 000 osób było narodowości polskiej, natomiast w powiecie ostródzkim było 46 273 luteran, w tym 25 985 Polaków. W 1893 w parafii pracowało trzech duchownych, pięć diakonis, jeden diakon i pracownica do spraw młodzieży.
W końcu XIX rozpoczęło się uprzywilejowanie języka niemieckiego, od 1890 wszystkie nabożeństwa odbywające się w czwartą niedzielę były prowadzone po niemiecku. Na początku XX wieku zaprzestano sprawowania nabożeństw polskich.
W związku z ciągłym zwiększaniem się liczby wiernych związanym z rozwojem Ostródy, podjęta została decyzja o budowie nowej świątyni. Prace rozpoczęto w 1907, a 31 sierpnia 1909 budowla została poświęcona przez ks. superintendenta Brauna. Nowy Kościół Miejski w Ostródzie posiadał 1420 miejsc siedzących, co jednak w większe święta było niewystarczające dla zboru. Stary kościół farny został przeznaczony do użytku zborowników z terenów wiejskich.